Kapan Han 15. yüzyıl ortalarında İsa Bey tarafından külliyeye düzenli vakıf geliri sağlaması amacıyla inşa edilmiştir. Adını Arapça ‘kabban’ (hanın girişinde satılan malların tartılması için kullanılan alet) kelimesinden alır.

Taban alanı 1.086 metrekare olan yapının zemin ve birinci katta birer girişi bulunur. Yolcular ve kervanlarıyla yolculuk eden tacirler için 44 odası ve doğu tarafında ise atların barınması için ayrılmış olan bölüm vardır.