Üsküp Türk çarşısının hangi tarafından girmiş ya da yürümüş olursanız olun, Murat Paşa Camii’ni gözden kaçırmanıza imkan yoktur. Çarşının merkezinde, heybetli Çifte Hamam ve çevresindeki dükkanların karşısında yer alır. Caminin hemen yanındaki çeşme bu İslami ibadethaneyi ziyaretçiler açısından daha da dikkat çekici kılar. Murat Paşa Camii’nin avlusunda da 1937’den kalma çok iyi muhafaza edilmiş bir şadırvan bulunur. Ziyaretçilerin en çok ilgisini çeken ise eski mezarlık ve burada bulunan 3 ayrı kitabedir. Bunların ikisinin 1741 ve 1790 yıllarından kaldığı bilinmekle birlikte, üçüncüsünün tarihi net olarak belli değildir. Murat Paşa Camii sade bir mimari üslupla birlikte Barok tarzını yansıtan unsurlara sahiptir. Sağ tarafında yer alan minare, camiye göre farklılıklar gösteren biçim ve üslubuyla, çok daha eski bir dönemde inşa edildiğini ortaya koymaktadır. Caminin girişindeki Arapça kitabede caminin, 1689’da Üsküp’ü yakıp yıkan büyük yangınlardan sonra, 1802-1803 yıllarında inşa edildiği anlatılır. Caminin ilk olarak ne zaman ve kimin tarafından inşa edildiğine dair kesin bir bilgi bulunmamakla birlikte, arkeolojik araştırmalar Murat Paşa Camii’nin daha eski bir yapının yerine yapıldığına işaret etmektedir.
