Üsküp’de bulunan Makedonya Müzesi, Makedonya’nın arkeolojik, etnolojik, tarihsel ve sanatsal mirasını araştıran ve sergileyen ulusal bir kurumdur. Müzede 66.000 eser ve parça, süreli arkeolojik, etnolojik ve tarihsel koleksiyonlarda sergilenmektedir.

Müzede ayrıca bir de ikonalar galerisi yer almakta ve ayrıca müze bünyesinde yer alan Kurşunlu Han’da ise taş eserler sergilenmektedir. Makedonya’nın uzun ve efsanevi tarihinin itinayla muhafaza edildiği müzelerin en önemlileri Üsküp’tedir.

Arkeoloji Müzesi turistleri Neolitik, Bronz ve Demir çağlarından, Klasik ve Helenistik dönemlere ve Roma, Slav, Bizans ve Türk dönemlerine uzanan binlerce yıllık bir yolculuğa çıkarmaktadır. Tarih Müzesi Makedonya’nın yüzlerce yıllık tarihinin Ulusal Kurtuluş Savaşı’na kadarki kronolojik dökümünü yapmakta ve Etnografya Müzesi’nde tematik biçimde sergilenen parçalar bulunmaktadır.

Son olarak Ulusal Tarih Müzesi’nde Makedonya’ya özgü bitki ve hayvan türleri sergilenmektedir. Sürekli sergiler dışında Makedonya müzeleri ayrıca süreli sergiler ve ilgi çekici başka etkinlikler de düzenler. Turistler müzelerde bulunan hediye dükkanlarından replikalar, kitapçıklar ve diğer ürünleri satın alabilir. Üsküp’teki belli başlı müzelerden başka Makedonya’nın birbirinden güzel diğer şehirlerinde kendi benzersiz koleksiyonlarına sahip müze ve arşivler yer almaktadır.