Üsküp Şehir Müzesi 1948’de kurulmuştur ve 1970’te ise kültürel anıt olarak korunmakta olan eski tren istasyonuna taşınmıştır. O zamandan beri arkeoloji, tarih, etnoloji, sanat tarihi ve güncel sanat alanlarını bünyesinde barındıran bir müze olarak faaliyet göstermektedir. Merkezin güneyinde yer alan Şehir Müzesi’nin ilgi çekici tek özelliği kısmen yıkılmış dış cephesidir. İstasyondaki saat, 27 Temmuz 1963’te 1066 kişinin ölümüne sebep olan ve şehrin neredeyse tamamını yerle bir eden trajik Üsküp depreminin olduğu 5:17’de durmuştur. Müzedeki kalıcı sergiler Üsküp’ün M.Ö. 3000 yıllarındaki ilk yerleşim zamanlarından bugüne uzanan tarihçesini anlatan eserleri içerir. Üsküp Şehir Müzesi arkeoloji, etnoloji, tarih ve sanat tarihi olmak üzere dört bölüme ayrılmıştır.
